Pemerintah Indonesia menetapkan Kementerian Pertanian sebagai lembaga pelaksana program YESS di tingkat nasional, dan menunjuk Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pertanian (BPPSDMP), dalam hal ini Pusat pendidikan Pertanian (Pusdiktan), sebagai lembaga yang mengelola Program YESS.
National Project management Unit (NPMU) didirikan dibawah Pusdiktan, sedangkan Politeknik Pembangunan Pertanian (POLBANGTAN) dan Sekolah Menengah Kejuruan – Pertanian Pembangunan (SMK-PP) bertanggung jawab untuk mengkoordinasikan dan melaksanakan program di tingkat provinsi dan kabupaten.
Kementerian Keuangan (Kemenkeu) bertindak sebagai perwakilan resmi pemerintah Indonesia yaitu sebagai Peminjam/Penerima. Dalam peran tersebut Kemenkeu bertanggung jawab untuk:
- Memenuhi pengawasan fidusia pemerintah dan tanggung jawab manajemen;
- Memberikan kontribusi rekanan yang memadai secara tepat waktu untuk membiayai kegiatan program, termasuk pembayaran gaji staf dan pemerintah; dan
- Melakukan proses Aplikasi Penarikan tepat waktu dan memberikan persetujuan atas tindakan pengadaan serta dokumen lainnya yang diperlukan sesuai dengan prosedur operasi yang disepakati.
Tingkat Nasional
Komite Pengarah Nasional (KPN)
Program YESS diawasi oleh Komite Pengarah Nasional (KPN) yang membuat keputusan mengenai pelaksanaan program. Komite Pengarah Nasional memiliki tugas-tugas sebagai berikut:
- Memberikan arahan dan panduan kepada NPMU dalam pelaksanaan program serta masukan yang bertujuan untuk meningkatkan kinerja program;
- Berkoordinasi dengan berbagai program/kegiatan terkait untuk mensinergikan program YESS;
- Memantau dan mengevaluasi kinerja dan hasil program;
- Meninjau ulang dan memberikan persetujuan atas rencana kerja dan anggaran tahunan;
- Melakukan pertemuan rutin tahunan minimal setahun sekali;
- KPN bertanggung jawab untuk memberikan laporan perkembangan program kepada Menteri Pertanian melalui Sekretaris Jenderal Kementerian Pertanian
KPN terdiri dari:
- Ketua : Sekretaris Jenderal Kementerian Pertanian
- Wakil Ketua : Kepala Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumber Daya manusia Pertanian (BPPSDMP), Kementerian Pertanian
- Sekretaris : Direktur Pusat Pendidikan Pertanian (Pusdiktan), Kementerian Pertanian.
- Anggota : Anggota KPN terdiri dari perwakilan Kementerian Pembangunan dan Perencanaan Nasional (Bappenas), Kementerian Keuangan, Otoritas Jasa Keuangan (OJK), Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil Menengah, dan maksimum jumlah anggota KPN adalah 20 orang. Untuk memungkinkan KPN membuat keputusan yang efektif, periode penugasan anggota KPN harus berlangsung minimal satu tahun.